Thousands of police were on alert, civilian drones banned and reinforcements deployed from NATO allies to help protect the summit at the grand Christiansborg Palace in Copenhagen.
"I hope that everybody recognises now that there is a hybrid war," Frederiksen said.
Denmark -- which holds the EU's rotating presidency -- has been rattled in recent days as unidentified drones shut down airports and flew near military sites.
Suspicions have pointed at Russia -- but so far no culprit has been definitively named.
Nonetheless the drone incidents have sharpened the focus on chinks in Europe's defences, after high-profile air incursions by Moscow in Poland and Estonia.
"We face the greatest security challenge since the end of the Second World War," Frederiksen said.
EU leaders in the Danish capital were pressing to flesh out details for priority defence projects, including a "drone wall" aimed at countering Russia's threat.
"It's a pattern, and this pattern is coming from Russia," European Commission chief Ursula von der Leyen told reporters.
"Russia tries to test us, but Russia also tries to sow division and anxiety in our societies. We will not let this happen."
The EU says it wants to build a system of defences to detect, and ultimately take down, drones.
The bloc is looking to tap the war-tested expertise of Ukraine, whose President Volodymyr Zelensky will join for a broader gathering of European leaders on Thursday.
Wednesday's discussion was the latest step in the EU's efforts to get ready for a potential conflict with Russia by 2030 -- as warnings swirl Moscow could look to attack in the coming years.
"We are in a confrontation with Russia," French President Emmanuel Macron said, pointing at Moscow's disinformation campaigns, cyber attacks and airspace violations.
The 27-nation bloc has already come up with a 150-billion-euro loan scheme to help fund defence spending, with the lion's share being snapped up by eastern countries.
Brussels has proposed countries now club together on four "flagship" projects -- the drone wall, securing the eastern flank, missile defences and a space "shield".
Tapping Russian frozen assets?
But while the EU looks to prepare for a possible future war, a crucial pressing issue is how to help finance Ukraine as it tackles Moscow's ongoing invasion.
Leaders were picking over a proposal from Brussels to use frozen Russian central bank assets to fund a new 140-billion-euro loan for Kyiv.
"Russia is causing tremendous damage in Ukraine right now, and it is not right that anybody else should pay for it other than Russia," said EU foreign policy chief Kaja Kallas.
As US support for Ukraine has dried up under Trump, the plan last week won the backing of a key powerbroker, German Chancellor Friedrich Merz.
But some countries remain sceptical, despite insistence from others that it is crucial to help Kyiv plug looming budget shortfalls.
Luxembourg's Prime Minister Luc Frieden said the plan raised a "whole series of questions, and I would like to have answers to those first."
"All proposals are welcome, but we must first ensure that they work in practice," he said.
Beyond the push to keep Ukraine going financially, officials are also trying to keep Kyiv's bid to join the EU on track despite a block from Hungarian leader Viktor Orban.
European Council chief Antonio Costa, who chairs the summit, has been canvassing support for a plan that would mean countries cannot veto each new step of talks.
But Orban appeared to pour cold water on the project as he gave a firm "no" when asked if Ukraine had any prospects of joining the bloc.
By Max Delany and Camille Bas-Wohlert
Traducerea/subtitrarea/voice-over-ul au fost generate de Inteligența Artificială, fără verificare sau editare umană, și sunt puse la dispoziție „așa cum este”, după cum se specifică în Termenii de utilizare ai platformei.
Mii de polițiști sunt în stare de alertă maximă, dronele civile au fost interzise, iar aliații NATO au trimis întăriri, în timp ce continentul se reunește la Copenhaga pentru discuțiile planificate de mult timp, urmate joi de o reuniune mai largă a liderilor europeni.
Danemarca - care deține președinția rotativă a UE - a fost zguduită în ultimele zile de drone neidentificate cre au zburat în apropierea unor situri militare și care au determiat închiderea aeroporturilor.
Vecinii nordici, precum și aliații, de la Statele Unite până la Ucraina, au trimis tehnologie antidronă și specialiști pentru a consolida capacitățile Danemarcei înaintea discuțiilor la nivel înalt.
Suspiciunile s-au îndreptat către Rusia pentru ceea ce prim-ministrul Mette Frederiksen a numit un "atac hibrid" - dar până în prezent niciun vinovat nu a fost numit definitiv.
Cu toate acestea, incidentele cu drone au accentuat atenția asupra fisurilor din apărarea Europei, după incursiunile aeriene ale Moscovei în Polonia și Estonia.
Liderii UE reuniți în capitala daneză încearcă să pună la punct detaliile proiectelor prioritare, inclusiv un "zid al dronelor" menit să contracareze amenințarea Rusiei.
Săptămâna trecută, miniștrii apărării din aproximativ 10 țări, majoritatea situate de-a lungul flancului estic al UE, au demarat discuțiile privind planul de a construi un sistem de apărare pentru detectarea și, în cele din urmă, doborârea dronelor.
UE dorește să profite de expertiza testată în război a Ucrainei, al cărei președinte, Volodimir Zelensky, se va alătura reuniunii de joi a Comunității politice europene.
"Europa trebuie să ofere un răspuns puternic și unit la incursiunile dronelor rusești la frontierele noastre", a declarat marți șefa UE, Ursula von der Leyen.
Discuția de miercuri este cel mai recent pas în eforturile UE de a se pregăti pentru un potențial conflict cu Rusia până în 2030 - în contextul în care Moscova ar putea încerca să atace în următorii ani.
Liderii vor încerca să stabilească o foaie de parcurs pentru abordarea celor mai presante nevoi de apărare ale Europei, în contextul în care încrederea în sprijinul SUA sub președinția lui Donald Trump se clatină.
Blocul celor 27 de națiuni a elaborat deja un sistem de împrumuturi în valoare de 150 de miliarde de euro pentru a contribui la finanțarea cheltuielilor de apărare, partea leului fiind absorbită de țările estice.
Bruxelles-ul a propus ca țările să se asocieze acum pentru patru proiecte "emblematice" - zidul dronelor, securizarea flancului estic, apărarea antirachetă și un "scut" spațial.
Folosirea activelor rusești înghețate ar fi o soluție?
Dar, în timp ce UE încearcă să se pregătească pentru un posibil război viitor, o problemă crucială și presantă este cum să ajute la finanțarea Ucrainei, care face față invaziei continue a Moscovei.
"Putin vrea să ne facă să vorbim despre noi înșine, nu despre Ucraina, nu despre ajutorarea Ucrainei, nu despre respingerea Rusiei în Ucraina", a declarat premierul estonian Kristen Michal într-un interviu acordat AFP în ajunul summitului.
Liderii se vor pronunța asupra unei propuneri din partea Bruxelles-ului de a utiliza activele înghețate ale băncii centrale ruse pentru a finanța un nou împrumut de 140 de miliarde de euro pentru Kiev.
Această propunere ar putea întâmpina rezistență din partea Belgiei, unde sunt deținute majoritatea activelor, dar este considerată crucială pentru a ajuta Kievul să acopere deficitele bugetare iminente.
În timp ce sprijinul SUA pentru Ucraina s-a diminuat sub Trump, planul a obținut săptămâna trecută sprijinul unui membru cheie al puterii, cancelarul german Friedrich Merz.
Oficialii spun că speră să primească undă verde din partea liderilor pentru a continua lucrul la plan.
"Pozițiile nu sunt neapărat în alb și negru, nu și da, unii pot spune că ar putea lua în considerare să meargă pe această cale dacă sunt îndeplinite anumite condiții", a declarat un înalt oficial UE.
Dincolo de eforturile de a menține Ucraina pe linia de plutire din punct de vedere financiar, oficialii încearcă, de asemenea, să mențină oferta Kievului de a adera la UE pe calea cea bună, în ciuda unui blocaj din partea liderului ungar Viktor Orban.
Orban, favorabil Rusiei, și-a exercitat dreptul de veto pentru a opri progresul negocierilor cu Ucraina.
Șeful Consiliului European, Antonio Costa, care prezidează summitul, a căutat sprijin pentru un plan care ar însemna că țările nu pot apela la dreptul de veto la fiecare nouă etapă a negocierilor.
"Niciun lider nu a răspuns până în prezent cu un "nu" total, într-un mod total negativ, la această idee", a declarat oficialul UE.
Dar se pare că aceasta ar fi o întindere - și ar avea nevoie de acordul lui Orban și al tuturor celorlalți lideri.
De Max Delany și Camille Bas-Wohlert