The commission said Bulgarian authorities believed Moscow was responsible for the incident on Sunday but it was not clear whether the aircraft was deliberately targeted as such attacks are common in the region.
"We can indeed confirm that there was GPS jamming," commission spokeswoman Arianna Podesta told a press conference.
The chartered flight landed safely at Plovdiv International Airport, in the south of the country, without having to change route.
Commission president Von der Leyen, 66, was in Bulgaria as part of a seven-country tour of "frontline" European Union states, which, sitting on the 27-nation bloc's eastern flank, are more exposed to Russian hybrid threats.
The region has experienced "a lot of such jamming and spoofing activities", a separate commission spokesperson said, adding it has sanctioned several companies believed to be involved.
"The Bulgarian authorities suspect this blatant interference was carried out by Russia," Podesta said.
"Threats and intimidations"
The incident was confirmed by the Bulgarian government.
"During the flight carrying European Commission president Ursula von der Leyen to Plovdiv, the satellite signal transmitting information to the plane's GPS navigation system was neutralised," a government statement said.
"To ensure the flight's safety, air control services immediately offered an alternative landing method using terrestrial navigation tools," it said.
The Financial Times newspaper, which first reported the incident, said the plane was forced to land using paper maps.
The commission described von der Leyen's trip as a show of support for members "facing the challenges" of proximity with Russia or its ally Belarus.
"Threats and intimidations" were a "regular component of Russia's hostile behaviour," Podesta said.
"Of course, this will only reinforce even further our unshakable commitment to ramp up defence capabilities and support for Ukraine".
Europe has boosted military spending and is looking to improve defence readiness following Moscow's invasion of Ukraine.
The incident came as Western powers discuss how to guarantee Ukraine's security in case of a truce deal in the three-and-a-half year war.
US President Donald Trump moved to restore dialogue with Russia at the start of his second presidency, but diplomatic efforts to end the war have lost momentum.
Moscow continues to stall on a potential meeting between Russian President Vladimir Putin and Ukraine's Volodymyr Zelensky.
Diese Übersetzung, Untertitelung bzw. Vertonung wurde durch KI generiert, ohne menschliche Prüfung oder Bearbeitung. Sie wird ohne Gewähr („wie sie ist“) gemäß den Nutzungsbedingungen der Plattform angeboten.
Die Kommission teilte mit, dass die bulgarischen Behörden davon ausgehen, dass Moskau für den Vorfall am Sonntag verantwortlich ist, aber es war nicht klar, ob das Flugzeug absichtlich angegriffen wurde, da solche Angriffe in der Region üblich sind.
"Wir können in der Tat bestätigen, dass das GPS gestört wurde", sagte Kommissionssprecherin Arianna Podesta auf einer Pressekonferenz.
Das gecharterte Flugzeug landete sicher auf dem internationalen Flughafen Plowdiw im Süden des Landes, ohne die Route ändern zu müssen.
Die 66-jährige Kommissionspräsidentin von der Leyen besuchte Bulgarien im Rahmen einer Sieben-Länder-Reise durch die "Frontlinien"-Staaten der Europäischen Union, die an der östlichen Flanke des 27-Nationen-Blocks liegen und stärker von russischen hybriden Bedrohungen betroffen sind.
In der Region habe es "eine Menge solcher Stör- und Spoofing-Aktivitäten" gegeben, sagte ein Sprecher der Kommission und fügte hinzu, dass sie mehrere Unternehmen sanktioniert habe, die vermutlich daran beteiligt seien.
"Die bulgarischen Behörden vermuten, dass diese eklatante Einmischung von Russland ausgegangen ist", sagte Podesta.
"Drohungen und Einschüchterungen"
Der Vorfall wurde von der bulgarischen Regierung bestätigt.
"Während des Fluges der EU-Kommissionspräsidentin Ursula von der Leyen nach Plowdiw wurde das Satellitensignal, das Informationen an das GPS-Navigationssystem des Flugzeugs übermittelt, neutralisiert", heißt es in einer Erklärung der Regierung.
"Um die Sicherheit des Fluges zu gewährleisten, boten die Flugkontrolldienste sofort eine alternative Landemethode unter Verwendung terrestrischer Navigationsmittel an", hieß es.
Die Zeitung Financial Times, die zuerst über den Vorfall berichtete, berichtete, dass das Flugzeug gezwungen war, mit Papierkarten zu landen.
Die Kommission bezeichnete von der Leyens Reise als ein Zeichen der Unterstützung für die Mitglieder, die mit den Herausforderungen" der Nähe zu Russland oder seinem Verbündeten Belarus konfrontiert sind.
"Drohungen und Einschüchterungen" seien ein "regelmäßiger Bestandteil von Russlands feindlichem Verhalten", sagte Podesta.
"Natürlich wird dies unsere unerschütterliche Entschlossenheit, die Verteidigungskapazitäten und die Unterstützung für die Ukraine zu verstärken, nur noch weiter verstärken".
Nach dem Einmarsch Moskaus in die Ukraine hat Europa seine Militärausgaben erhöht und versucht, die Verteidigungsbereitschaft zu verbessern.
Der Vorfall ereignete sich zu einem Zeitpunkt, an dem die westlichen Mächte darüber diskutieren, wie die Sicherheit der Ukraine im Falle eines Waffenstillstandsabkommens in dem dreieinhalb Jahre andauernden Krieg gewährleistet werden kann.
US-Präsident Donald Trump hat zu Beginn seiner zweiten Amtszeit den Dialog mit Russland wieder aufgenommen, doch die diplomatischen Bemühungen um eine Beendigung des Krieges sind ins Stocken geraten.
Moskau verzögert weiterhin ein mögliches Treffen zwischen dem russischen Präsidenten Wladimir Putin und dem ukrainischen Präsidenten Wolodymyr Zelenski.
