The 27-nation bloc struck an accord with Washington last July setting levies on most European goods at 15 percent, but to Trump's frustration it had yet to make good on its pledge to scrap levies on most US imports in return.
Negotiators from the EU's parliament and capitals wrangled late into the night, finally emerging several hours after midnight with news of an agreement to move forward.
"This means we will soon deliver on our part," EU chief Ursula von der Leyen said as she welcomed the agreement and called for the implementation process to be finalised quickly.
"Together, we can ensure stable, predictable, balanced, and mutually beneficial transatlantic trade," von der Leyen said in a social media post.
The EU agreement puts the bloc on track to meet Trump's deadline for ratification of the deal sealed in Turnberry, Scotland, between Trump and von der Leyen, and hopefully turn the page on more than a year of transatlantic trade battles.
Short of that, Trump had warned the European Union should expect "much higher" tariffs -- and had already vowed to raise duties on European cars and trucks from 15 to 25 percent.
The tariff blitz unleashed by Trump before the Turnberry accord, including hefty levies on steel, aluminium and car parts, jolted the bloc into cultivating trade ties around the world.
But the EU cannot afford to neglect the 1.6-trillion-euro ($1.9-trillion) relationship with the US, its largest trade partner.
No more 'sunrise'
The EU parliament gave the deal a conditional green light in March, after months of delay caused by Trump's designs on Greenland and a US Supreme Court ruling striking down many of the president's tariffs.
Lawmakers were under pressure to renege on several amendments that the Americans considered unacceptable -- including a suspension clause that would scrap favourable tariff conditions for US exporters should the US breach the deal.
The final text empowers the European Commission to trigger the suspension mechanism if the US fails to meet its commitments or disrupts trade and investment with the EU, including by "discriminating against or targeting EU economic operators".
It also gives the EU means to address spikes in US imports "that cause or threaten to cause serious injury to domestic producers", with suspension again a possible outcome.
But parliament also agreed to scale back some demands -- and the final text notably gave the US until the end of the year to drop surtaxes above 15 percent on steel components, rather than insisting on it as a precondition.
Another fight was over so-called "sunrise" and "sunset" clauses under which the EU side of the accord would kick in once the US makes fully good on its pledges, and would expire unless renewed in 2028.
The sunrise clause was removed altogether, while the sunset was pushed back to the end of 2029, according to a parliament statement.
The head of parliament's trade committee, Bernd Lange, faced the challenge of hammering out a common stance between different factions which haggled until the last moment.
Lange played down the concessions extracted from lawmakers, declaring after the deal was announced that "parliament has prevailed with its demands for a comprehensive safety net".
But Anna Cavazzini of the EU's Greens was less effusive, saying the "deal puts the EU at a disadvantage" while conceding "it can secure a certain degree of economic stability."
"One can only hope that the agreement on the tariff deal will now calm the situation, so that other major issues in the EU-US relationship can be addressed," she said.
By Jana Hemmersmeier and Emma Charlton
Der Block der 27 Länder hatte sich im Juli letzten Jahres mit Washington darauf geeinigt, die Zölle auf die meisten europäischen Waren auf 15 Prozent zu begrenzen, doch zur Enttäuschung Trumps hatte die EU ihr Versprechen, im Gegenzug die Zölle auf die meisten US-Einfuhren abzuschaffen, noch nicht eingelöst.
Die Unterhändler des EU-Parlaments und der EU-Hauptstädte rangen bis spät in die Nacht, bis sie schließlich einige Stunden nach Mitternacht eine Einigung verkündeten.
"Das bedeutet, dass wir unseren Teil bald erfüllen werden", sagte EU-Chefin Ursula von der Leyen, die die Einigung begrüßte und einen raschen Abschluss des Umsetzungsprozesses forderte.
"Gemeinsam können wir einen stabilen, vorhersehbaren, ausgewogenen und für beide Seiten vorteilhaften transatlantischen Handel gewährleisten", so von der Leyen in einem Beitrag in den sozialen Medien.
Mit der Einigung ist die EU auf dem besten Weg, die von Trump gesetzte Frist für die Ratifizierung des im schottischen Turnberry zwischen Trump und von der Leyen besiegelten Abkommens einzuhalten und hoffentlich ein neues Kapitel in den mehr als einjährigen transatlantischen Handelsstreitigkeiten aufzuschlagen.
Andernfalls hatte Trump die Europäische Union gewarnt, sie müsse mit "viel höheren" Zöllen rechnen - und hatte bereits versprochen, die Zölle auf europäische Autos und Lastwagen von 15 auf 25 Prozent zu erhöhen.
Die von Trump vor dem Turnberry-Abkommen eingeführten Zölle, darunter hohe Abgaben auf Stahl, Aluminium und Autoteile, haben die EU aufgerüttelt und dazu veranlasst, ihre Handelsbeziehungen weltweit zu intensivieren.
Die EU kann es sich jedoch nicht leisten, die 1,6 Billionen Euro (1,9 Billionen US-Dollar) schweren Beziehungen zu den USA, ihrem größten Handelspartner, zu vernachlässigen.
Kein "Sonnenaufgang" mehr
Das EU-Parlament gab im März unter Vorbehalt grünes Licht für das Abkommen, nachdem es sich monatelang wegen Trumps Plänen für Grönland und eines Urteils des Obersten Gerichtshofs der USA, das viele der Zölle des Präsidenten aufhob, verzögert hatte.
Die Gesetzgeber standen unter dem Druck, mehrere Änderungen aufzugeben, die die Amerikaner für inakzeptabel hielten - darunter eine Aussetzungsklausel, die günstige Zollbedingungen für US-Exporteure aufheben würde, falls die USA das Abkommen verletzen.
Der endgültige Text ermächtigt die Europäische Kommission, den Aussetzungsmechanismus auszulösen, wenn die USA ihren Verpflichtungen nicht nachkommen oder den Handel und die Investitionen mit der EU stören, u. a. durch "Diskriminierung oder gezielte Angriffe auf EU-Wirtschaftsbeteiligte".
Außerdem gibt er der EU die Möglichkeit, gegen Spitzen bei den US-Importen vorzugehen, die heimische Hersteller ernsthaft schädigen oder zu schädigen drohen", wobei auch hier die Aussetzung eine mögliche Folge ist.
Das Parlament stimmte jedoch auch zu, einige Forderungen zurückzuschrauben - und der endgültige Text räumte den USA insbesondere eine Frist bis zum Ende des Jahres ein, um Zölle von über 15 Prozent auf Stahlkomponenten abzuschaffen, anstatt dies als Vorbedingung zu verlangen.
Ein weiterer Streitpunkt waren die so genannten "Sunrise"- und "Sunset"-Klauseln, nach denen die EU-Seite des Abkommens in Kraft treten würde, sobald die USA ihre Zusagen vollständig einhalten, und die 2028 auslaufen würden, wenn sie nicht erneuert würden.
Die "sunrise"-Klausel wurde ganz gestrichen, während die "sunset"-Klausel auf Ende 2029 verschoben wurde, heißt es in einer Erklärung des Parlaments.
Der Vorsitzende des Handelsausschusses des Parlaments, Bernd Lange, stand vor der Herausforderung, eine gemeinsame Position zwischen den verschiedenen Fraktionen zu finden, die bis zum letzten Moment gefeilscht hatten.
Lange spielte die Zugeständnisse, die den Gesetzgebern abgerungen wurden, herunter und erklärte nach der Bekanntgabe der Einigung, das Parlament habe sich mit seinen Forderungen nach einem umfassenden Sicherheitsnetz durchgesetzt".
Anna Cavazzini von den EU-Grünen war jedoch weniger überschwänglich. Sie sagte, dass die Einigung die EU benachteiligt", räumte aber ein, dass sie ein gewisses Maß an wirtschaftlicher Stabilität sichern kann".
"Man kann nur hoffen, dass die Einigung über das Zollabkommen die Situation beruhigt, so dass andere wichtige Themen in den Beziehungen zwischen der EU und den USA angegangen werden können", sagte sie.
Von Jana Hemmersmeier und Emma Charlton