Thousands of police were on alert, civilian drones banned and reinforcements deployed from NATO allies to help protect the summit at the grand Christiansborg Palace in Copenhagen.
"I hope that everybody recognises now that there is a hybrid war," Frederiksen said.
Denmark -- which holds the EU's rotating presidency -- has been rattled in recent days as unidentified drones shut down airports and flew near military sites.
Suspicions have pointed at Russia -- but so far no culprit has been definitively named.
Nonetheless the drone incidents have sharpened the focus on chinks in Europe's defences, after high-profile air incursions by Moscow in Poland and Estonia.
"We face the greatest security challenge since the end of the Second World War," Frederiksen said.
EU leaders in the Danish capital were pressing to flesh out details for priority defence projects, including a "drone wall" aimed at countering Russia's threat.
"It's a pattern, and this pattern is coming from Russia," European Commission chief Ursula von der Leyen told reporters.
"Russia tries to test us, but Russia also tries to sow division and anxiety in our societies. We will not let this happen."
The EU says it wants to build a system of defences to detect, and ultimately take down, drones.
The bloc is looking to tap the war-tested expertise of Ukraine, whose President Volodymyr Zelensky will join for a broader gathering of European leaders on Thursday.
Wednesday's discussion was the latest step in the EU's efforts to get ready for a potential conflict with Russia by 2030 -- as warnings swirl Moscow could look to attack in the coming years.
"We are in a confrontation with Russia," French President Emmanuel Macron said, pointing at Moscow's disinformation campaigns, cyber attacks and airspace violations.
The 27-nation bloc has already come up with a 150-billion-euro loan scheme to help fund defence spending, with the lion's share being snapped up by eastern countries.
Brussels has proposed countries now club together on four "flagship" projects -- the drone wall, securing the eastern flank, missile defences and a space "shield".
Tapping Russian frozen assets?
But while the EU looks to prepare for a possible future war, a crucial pressing issue is how to help finance Ukraine as it tackles Moscow's ongoing invasion.
Leaders were picking over a proposal from Brussels to use frozen Russian central bank assets to fund a new 140-billion-euro loan for Kyiv.
"Russia is causing tremendous damage in Ukraine right now, and it is not right that anybody else should pay for it other than Russia," said EU foreign policy chief Kaja Kallas.
As US support for Ukraine has dried up under Trump, the plan last week won the backing of a key powerbroker, German Chancellor Friedrich Merz.
But some countries remain sceptical, despite insistence from others that it is crucial to help Kyiv plug looming budget shortfalls.
Luxembourg's Prime Minister Luc Frieden said the plan raised a "whole series of questions, and I would like to have answers to those first."
"All proposals are welcome, but we must first ensure that they work in practice," he said.
Beyond the push to keep Ukraine going financially, officials are also trying to keep Kyiv's bid to join the EU on track despite a block from Hungarian leader Viktor Orban.
European Council chief Antonio Costa, who chairs the summit, has been canvassing support for a plan that would mean countries cannot veto each new step of talks.
But Orban appeared to pour cold water on the project as he gave a firm "no" when asked if Ukraine had any prospects of joining the bloc.
By Max Delany and Camille Bas-Wohlert
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Tausende von Polizisten sind in höchster Alarmbereitschaft, zivile Drohnen wurden verboten und die NATO-Verbündeten haben Verstärkung geschickt, während der Kontinent zu den seit langem geplanten Gesprächen in Kopenhagen zusammenkommt, auf die am Donnerstag ein breiteres Treffen der europäischen Staats- und Regierungschefs folgt.
Dänemark, das die rotierende EU-Ratspräsidentschaft innehat, wurde in den letzten Tagen in Aufruhr versetzt, weil nicht identifizierte Drohnen Flughäfen geschlossen haben und in der Nähe von Militärstandorten geflogen sind.
Die nordischen Nachbarn sowie Verbündete von den Vereinigten Staaten bis zur Ukraine haben Drohnenabwehrtechnologie und -spezialisten entsandt, um die dänischen Fähigkeiten im Vorfeld der Gipfelgespräche zu stärken.
Der Verdacht richtet sich auf Russland für das, was Premierministerin Mette Frederiksen einen "hybriden Angriff" nannte - aber bisher wurde noch kein Schuldiger definitiv benannt.
Nichtsdestotrotz haben die Drohnenvorfälle den Blick auf die Schwachstellen in der europäischen Verteidigung geschärft, nachdem Moskau mit seinen Luftangriffen in Polen und Estland für Aufsehen gesorgt hat.
Die Staats- und Regierungschefs der EU, die sich in der dänischen Hauptstadt treffen, wollen Details für vorrangige Projekte festlegen, darunter eine "Drohnenmauer", die der russischen Bedrohung entgegenwirken soll.
Die Verteidigungsminister von etwa 10 Ländern, die hauptsächlich an der Ostflanke der EU liegen, haben letzte Woche Gespräche über den Plan aufgenommen, ein Abwehrsystem zu errichten, um Drohnen aufzuspüren und schließlich abzuschießen.
Die EU ist bestrebt, das kriegserprobte Fachwissen der Ukraine zu nutzen, deren Präsident Volodymyr Zelensky am Donnerstag am Treffen der Europäischen Politischen Gemeinschaft teilnehmen wird.
"Europa muss eine starke und geeinte Antwort auf Russlands Drohnenangriffe an unseren Grenzen geben", sagte EU-Chefin Ursula von der Leyen am Dienstag.
Die Diskussion am Mittwoch ist der jüngste Schritt in den Bemühungen der EU, sich auf einen möglichen Konflikt mit Russland bis zum Jahr 2030 vorzubereiten, da es Warnungen gibt, dass Moskau in den kommenden Jahren angreifen könnte.
Die Staats- und Regierungschefs werden versuchen, einen Fahrplan für die dringendsten Verteidigungsbedürfnisse Europas zu entwerfen, da das Vertrauen in die Unterstützung der USA unter Präsident Donald Trump schwankt.
Die 27 Mitgliedstaaten haben bereits ein 150-Milliarden-Euro-Darlehensprogramm zur Finanzierung von Verteidigungsausgaben ausgearbeitet, wobei der Löwenanteil von den östlichen Ländern aufgebracht werden soll.
Brüssel hat vorgeschlagen, dass sich die Länder bei vier Vorzeigeprojekten zusammentun - der Drohnenmauer, der Sicherung der Ostflanke, der Raketenabwehr und einem Weltraumschild.
Eingefrorene russische Guthaben anzapfen?
Doch während sich die EU auf einen möglichen künftigen Krieg vorbereitet, stellt sich die dringende Frage, wie die Ukraine im Kampf gegen Moskaus anhaltende Invasion finanziell unterstützt werden kann.
"Putin will, dass wir über uns selbst reden, nicht über die Ukraine, nicht über die Hilfe für die Ukraine, nicht über die Zurückdrängung Russlands in der Ukraine", sagte die estnische Ministerpräsidentin Kristen Michal in einem Interview mit AFP am Vorabend des Gipfels.
Die Staats- und Regierungschefs werden über einen Vorschlag aus Brüssel diskutieren, eingefrorene russische Zentralbankguthaben zur Finanzierung eines neuen Kiewer Kredits in Höhe von 140 Milliarden Euro zu verwenden.
Dieser Vorstoß könnte auf den Widerstand Belgiens stoßen, wo ein Großteil der Guthaben lagert, wird aber als entscheidend angesehen, um Kiew bei der Überbrückung drohender Haushaltslöcher zu helfen.
Da die US-Unterstützung für die Ukraine unter Trump versiegt ist, erhielt der Plan letzte Woche die Unterstützung des deutschen Bundeskanzlers Friedrich Merz, der eine wichtige Rolle spielt.
Die Beamten hoffen, von den Staats- und Regierungschefs grünes Licht für die weitere Arbeit an dem Plan zu erhalten.
"Die Positionen sind nicht notwendigerweise schwarz und weiß, nein und ja, einige könnten sagen, dass sie darüber nachdenken könnten, diesen Weg zu gehen, wenn bestimmte Bedingungen erfüllt sind", sagte ein hochrangiger EU-Beamter.
Neben dem Bestreben, die Ukraine finanziell am Leben zu erhalten, versuchen die Beamten auch, Kiews Bewerbung um den EU-Beitritt trotz der Blockade durch den ungarischen Regierungschef Viktor Orban auf Kurs zu halten.
Der russlandfreundliche Orban hat sein Veto eingelegt, um den Fortgang der Verhandlungen mit der Ukraine zu verhindern.
Der Chef des Europäischen Rates, Antonio Costa, der den Vorsitz des Gipfels innehat, wirbt um Unterstützung für einen Plan, der vorsieht, dass die Länder nicht bei jedem neuen Gesprächsschritt ihr Veto einlegen können.
"Bis heute hat kein Staatschef mit einem totalen 'Nein' auf diese Idee geantwortet", so der EU-Beamte.
Aber es sieht so aus, als ob es ein weiter Weg wäre - und die Zustimmung von Orban und allen anderen Staats- und Regierungschefs erfordern würde.
Von Max Delany und Camille Bas-Wohlert
