Lawmakers in Strasbourg rejected the censure motion -- launched by the far-right over the European Commission president's handling of Covid vaccine contracts -- by 360 to 175 in a widely expected result.
"In a moment of global volatility and unpredictability, the EU needs strength, vision, and the capacity to act," von der Leyen, who wasn't at the parliament for the vote, wrote on X afterwards.
"As external forces seek to destabilize and divide us, it is our duty to respond in line with our values. Thank you, and long live Europe."
Addressing parliament earlier this week, von der Leyen had dismissed the initiative as a conspiracy theory-laden attempt to divide Europe, slamming its supporters as "anti-vaxxers" and "apologists" for Russian President Vladimir Putin.
She had urged lawmakers to renew confidence in her commission arguing it was critical for Europe to show unity in the face of an array of challenges, from US trade talks to Russia's war in Ukraine.
The no-confidence motion was initiated by Romanian far-right lawmaker Gheorghe Piperea.
He accused von der Leyen of a lack of transparency over text messages she sent to the head of the Pfizer pharmaceutical giant when negotiating Covid vaccines.
The commission's failure to release the messages -- the focus of multiple court cases -- has given weight to critics who accuse its boss of centralised and opaque decision-making.
That has also been a growing refrain from the commission chief's traditional allies on the left and centre, who largely backed von der Leyen, but used the vote to air their grievances.
'Not unconditional'
One major complaint from her critics is that von der Leyen's centre-right camp has increasingly teamed up with the far-right to further its agenda -- most notably to roll back environmental rules.
Iratxe Garcia Perez, the head of the centre-left Socialists and Democrats, said the group's support did not "mean that we are not critical of the European Commission".
Its shift towards the far-right was "a major cause for alarm", she added.
"The motion of censure against the European Commission has been overwhelmingly rejected," centrist leader Valerie Hayer wrote on X. "But our support for von der Leyen is not unconditional."
"Pfizergate" aside, Romania's Piperea accused the commission of interfering in his country's recent presidential election, in which pro-European Nicusor Dan narrowly beat EU critic and nationalist George Simion.
That vote came after Romania's constitutional court scrapped an initial ballot over allegations of Russian interference and massive social media promotion of the far-right frontrunner, who was barred from standing again.
Piperea's challenge was supported by some groups on the left and part of the far right -- including the party of Hungary's nationalist Prime Minister Viktor Orban.
But Piperea's own group, the ECR, was split on the question.
Its largest faction, the party of Italian Prime Minister Giorgia Meloni that did not back the motion.
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Die Abgeordneten in Straßburg lehnten den Misstrauensantrag, der von der extremen Rechten wegen des Umgangs der EU-Kommissionspräsidentin mit den Covid-Impfstoffverträgen eingebracht worden war, mit 360 zu 175 Stimmen ab - ein weithin erwartetes Ergebnis.
"In einem Moment globaler Volatilität und Unberechenbarkeit braucht die EU Stärke, Visionen und die Fähigkeit zu handeln", schrieb von der Leyen, die bei der Abstimmung nicht im Parlament anwesend war, anschließend auf X.
"Wenn externe Kräfte versuchen, uns zu destabilisieren und zu spalten, ist es unsere Pflicht, im Einklang mit unseren Werten zu reagieren. Vielen Dank und lang lebe Europa".
In einer Rede vor dem Parlament Anfang der Woche hatte von der Leyen die Initiative als einen verschwörungstheoretischen Versuch abgetan, Europa zu spalten, und ihre Befürworter als "Anti-Vaxxer" und "Apologeten" des russischen Präsidenten Wladimir Putin bezeichnet.
Sie hatte die Gesetzgeber aufgefordert, das Vertrauen in ihre Kommission zu erneuern, da es für Europa entscheidend sei, angesichts einer Reihe von Herausforderungen - von den US-Handelsgesprächen bis hin zu Russlands Krieg in der Ukraine - Einigkeit zu zeigen.
Der Misstrauensantrag wurde von dem rechtsextremen rumänischen Abgeordneten Gheorghe Piperea initiiert.
Er warf von der Leyen mangelnde Transparenz in Bezug auf Textnachrichten vor, die sie während der Verhandlungen über Covid-Impfstoffe an den Chef des Pharmariesen Pfizer geschickt hatte.
Das Versäumnis der Kommission, die Nachrichten - die Gegenstand mehrerer Gerichtsverfahren sind - freizugeben, hat Kritikern Auftrieb gegeben, die ihrer Chefin eine zentralisierte und undurchsichtige Entscheidungsfindung vorwerfen.
Dies wurde auch von den traditionellen Verbündeten der Kommissionschefin aus der Linken und der Mitte immer wieder betont, die von der Leyen zwar weitgehend unterstützten, die Abstimmung aber nutzten, um ihren Unmut zu äußern.
Nicht bedingungslos
Ein Hauptvorwurf ihrer Kritiker ist, dass von der Leyens Mitte-Rechts-Lager sich zunehmend mit der extremen Rechten zusammengetan hat, um ihre Agenda voranzutreiben - vor allem, um Umweltvorschriften zurückzudrehen.
Iratxe Garcia Perez, die Vorsitzende der Mitte-Links-Sozialisten und Demokraten, sagte, die Unterstützung der Fraktion bedeute nicht, dass wir der Europäischen Kommission nicht kritisch gegenüberstünden".
Ihre Hinwendung zur extremen Rechten sei "ein großer Grund zur Besorgnis", fügte sie hinzu.
"Der Misstrauensantrag gegen die Europäische Kommission wurde mit überwältigender Mehrheit abgelehnt", schrieb die Vorsitzende der Zentrumsfraktion, Valerie Hayer, auf X. "Aber unsere Unterstützung für von der Leyen ist nicht bedingungslos."
Abgesehen von "Pfizergate" beschuldigte Rumäniens Piperea die Kommission, sich in die jüngsten Präsidentschaftswahlen seines Landes eingemischt zu haben, bei denen der pro-europäische Nicusor Dan den EU-Kritiker und Nationalisten George Simion knapp geschlagen hatte.
Die Abstimmung fand statt, nachdem das rumänische Verfassungsgericht einen ersten Wahlgang wegen angeblicher russischer Einmischung und massiver Werbung in den sozialen Medien für den rechtsextremen Spitzenkandidaten, der von einer erneuten Kandidatur ausgeschlossen wurde, für ungültig erklärt hatte.
Pipereas Anfechtung wurde von einigen linken und rechtsextremen Gruppen unterstützt, darunter auch von der Partei des nationalistischen ungarischen Ministerpräsidenten Viktor Orban.
Doch Pipereas eigene Fraktion, die ECR, war in dieser Frage gespalten.
Ihre größte Fraktion, die Partei der italienischen Ministerpräsidentin Giorgia Meloni, unterstützte den Antrag nicht.
